荒海井底机关的解谜核心在于正确调整五个雷立方体的朝向。首先需传送到荒海区域，找到中间大树旁的三根雷柱，使用雷元素攻击使其所有图标朝向同一面即可解开初始封印。随后跳入中央圆柱进入地底，此处将触发神樱大祓任务的关键环节。
进入井底后，需按照特定顺序激活机关：前1次、左3次、左上2次、右3次、右上2次。右手边大门需解锁两个仙灵，一个位于柱子上，另一个藏在大祓树左侧。完成左侧机关后可获得宝箱，并发现水潭，潜水后抵达五个雷立方机关处。此处水位下降的机制依赖于立方体朝向同步，攻击中间立方体两次可恢复初始状态，再依次调整其他立方体使所有光纹朝向后方即可完成解密。
若水位未完全下降，需前往地下第二层继续解密。通过水潭下游抵达阶梯区域，此处需攻击中间雷立方两次，确保所有机关光纹一致。该步骤需注意观察立方体之间的联动关系，错误的攻击顺序可能导致解密失败。完成两层解密后，水位将彻底下降，开启通往恒常机关阵列的路径。
关键道具留念镜在解密过程中具有重要作用。需对井底的三只地狐雕像使用该道具，触发隐藏机关以完全打开天井入口。雷种子的获取与结界穿越也是必经步骤，需用雷元素攻击大狐狸雕像获取镇物，并在鸟居处按正确图案摆放镇物以净化结界。
整个流程需严格遵循机关交互逻辑，避免遗漏细节。解密成功后，击败出现的落武者即可完成任务，并解锁后续剧情。若中途卡关，可重新启动游戏恢复机关初始状态，或参考元素视野辅助定位隐藏交互点。
