船只的停靠位置主要分布在几个关键剧情节点，包括赤壁之战前后的渡口、东吴柴桑城附近的湖泊以及日本圣山任务相关的港口。柴桑城南面的湖泊是赤壁之战前联吴抗曹的重要交通枢纽，玩家需在此乘船前往荆州执行火药任务。而赤壁之战后，船只的停靠点转移至江夏城渡口，用于后续的入川剧情推进。
游戏中期，玩家需在柴桑城与老人对话获取秘法书任务，随后乘船前往日本北方圣山击败大蛇。此处的船只停靠在柴桑城东面的渡口，航行路线固定且不可逆。需若未完成老树枝和硝石的支线任务，船只无法触发后续剧情。返回东吴后，船只将再次停靠柴桑渡口，用于运送火药至博望坡炸毁巨石。
赤壁之战期间，柴桑城周瑜会要求玩家完成连环计任务，船只停靠位置变更为荆州博望坡附近的隐蔽渡口。该地点需通过柴桑城宫殿内的密道进入，且仅在此阶段开放。若错过时机，玩家需重新触发赤壁剧情才能激活渡口。江夏城的船只停靠点与鲁肃加入剧情绑定，需在蔡瑁追击战后与鲁肃对话方可使用。
游戏后期，船只的停靠功能主要用于汉中战役的兵力调度。玩家可从新野城西南角的渡口乘船进入汉水，直达阳平关战场。此渡口需在完成平定荆州任务后解锁，且需携带兵符才能通行。部分改版游戏中船只停靠点可能调整，例如吕布传版本将渡口迁移至虎牢关附近，但原版设定仍以柴桑、江夏、新野三处为核心。
船只的停靠机制与主线任务高度关联，玩家需确保当前剧情进度符合航行条件。若出现无法登船的情况，建议检查是否遗漏关键道具或NPC对话。部分隐藏渡口需调查特定坐标才能显示，例如柴桑城老树下的老树枝获取点附近可能存在额外交互选项。
