赛尔号超级英雄卡副本的核心难点在于Boss的极端属性配置和复杂技能机制，这些Boss通常具备高物理防御和远超普通敌人的生命值，并且会频繁释放诸如单体高伤害附带持续效果或群体攻击施加控制状态的技能，迫使玩家在战斗中持续关注技能释放时机并采取相应规避措施。
组建一支均衡的队伍阵容构成了另一项关键挑战，玩家需要综合搭配高爆发输出的角色、具备打断和控制能力的单位以及提供稳定治疗的支持者，同时必须考虑属性克制关系和英雄间的羁绊效果，以确保队伍能灵活适应副本中的多变战斗环境。
资源管理和道具使用在副本挑战中扮演着决定性角色，玩家必须优先将经验卡、金币和进化材料集中分配给核心输出或坦克精灵，并合理规划治疗药水、强化药剂及抗性道具的启用时机，从而在关键时刻维持队伍生存能力并提升整体输出效率。
时间点和操作序列的把握也是副本难点之一，某些机制要求玩家在特定时间完成关卡扫荡或次数购买，这需要对游戏内部计时和资源刷新规则有清晰认知，并通过精确执行来优化奖励获取与挑战进度。
团队协作与战术调整在多玩家副本中显得尤为重要，队员之间需通过有效沟通协调技能释放与位置移动，以应对Boss的群体伤害或控制效果，并在局势不利时及时撤退重整队伍，为后续反击保留必要实力。
